Игровой процесс

Игровой процесс схож с первой частью игры и игровой серией X-Men Legends. Игрок может набирать команду из четырёх героев; членов команды можно менять прямо во время игры. В версиях для PlayStation 3 и Xbox 360 поддерживается возможность коллективной игры через PlayStation Network и Xbox Live соответственно.

Боевая система была улучшена, и теперь у двух персонажей есть возможность объединить свои силы для выполнения мощной Fusion-атаки. Каждый управляемый персонаж имеет свой уникальный приём. Во время игры персонажи повышают свой уровень опыта, получая новые способности и атаки.

Сюжет

Замок Дума, Латверия. Один год до основных событий «Marvel Ultimate Alliance 2». Директор организации Щ.И.Т. Ник Фьюри и его отряд супер-героев, состоящий из Железного человека, Капитана Америки, Росомахи и Человека-паука, начинают Тайную войну, действуя под прикрытием и атакуя вражеских агентов. По пути они сталкиваются с несколькими членами команды супер-злодеев «Повелители зла», один из них — Лихач. Вскоре задание было успешно завершено, и команда покидает Латверию.

Спустя год, в Нью-Йорке появляется Виктор Фон Дум, который намеревается установить бомбу на Таймс-сквер и взорвать Манхэттен. Команде Ника Фьюри удаётся остановить Дум-ботов Доктора Дума и обезвредить бомбу. Но тем временем в Стэмфорде (Коннектикут) «Повелители зла» устраивают мощнейший взрыв, из-за которого погибают местные супер-герои (только одному из них, Мученику, удаётся выжить) и 612 гражданских лиц (в том числе и дети школьного возраста). Правительство называет этот инцидент невнимательностью супер-героев, а общество требует принятие «Акта о регистрации супер-героев». Правительство его принимает, и все мета-люди вынуждены его соблюдать, либо нарушать.

Далее игроку даётся выбор: на чьей он стороне? На про-регистрационной стороне, возглавляемой Железным человеком и Мистером Фантастиком или на анти-регистрационной стороне, возглавляемой Капитаном Америкой и Люком Кейджем.

Концовка будет зависеть от стороны, которую выбрал игрок в начале игры.

Персонажи

В версии для Xbox 360 игрок может переключить костюм на альтернативный. Кроме того, что в основном у персонажей в качестве альтернативы идёт именно костюм, у некоторых в качестве альтернативы идёт другой похожий персонаж. Так, у Скорпиона (МакДональда Гаргана) это Веном (Эдди Брок), у Зелёного гоблина — Хобгоблин (Родерик Кингсли), а у Халка — Красный Халк (Таддеус Росс).